A estrutura do ácido fosfatídico é muito simples; na verdade, trata-se do diacilglicerofosfolípido mais simples. É composto por uma estrutura base de glicerol ligada a um grupo fosfato e a duas cadeias acilo. Este lípido é responsável por aproximadamente 1-4% dos lípidos totais presentes nas células de qualquer organismo vivo.
Um exemplo de uma molécula deste fosfolípido é apresentado na Figura 1 abaixo. Neste caso, contém as cadeias acilo palmitoíl (16:0) e oleíl (18:1). Os ácidos gordos mais comuns encontrados em moléculas de ácido fosfatídico de ocorrência natural são os ácidos palmítico, oleico, esteárico (18:0), linoleico (18:2) e araquidónico (20:4).
O pequeno tamanho do grupo fosfato da sua cabeça, comparativamente com o tamanho da sua base, confere-lhe uma forma em cunha particular (Figura 2 abaixo) que é muito importante em bicamadas lipídicas. Esta forma é essencial para permitir a formação de curvaturas negativas de bicamadas lipídicas que é crítica para a fusão e fissão de porções de membranas ou organelas inteiras (p. ex. membrana plasmática ou complexo de Golgi), bem como para vários processos bioquímicos que ocorrem na proximidade de membranas celulares (p. ex. recrutamento de proteínas de sinalização).
O grupo fosfato livre proporciona ao ácido fosfatídico um grupo polar carregado negativamente. Estes lípidos aniónicos são conhecidos por recrutar e anclar moléculas carregadas positivamente. Adicionalmente, o seu grupo fosfomonoéster pode transportar uma ou duas cargas negativas; dentro das células, o pH fisiológico de diferentes situações intracelulares proporcionam as condições para fazer com que o ácido fosfatídico carregue uma ou duas cargas negativas, o que representa uma variável que pode ser utilizada por determinados ambientes celulares para iniciar ou finalizar cascadas de sinalização dependentes do ácido fosfatídico.